Es un centro de gestión y dinamización de procesos culturales, un espacio para el encuentro, sensibilización y formación de públicos internos y externos, que tiene como principal propósito la salvaguardia, protección, conservación, divulgación y reinterpretación del patrimonio, desde su identidad y valor como museo de una institución de educación superior pública.
Su Colección de Antropología, compuesta por aproximadamente 35.000 bienes integrantes del patrimonio arqueológico de la Nación, es la primera de cerámica prehispánica del país, y la primera colección etnográfica de los grupos afrodescendientes.
Por su parte, la Colección de Artes Visuales, comprende más de 4.700 obras en diferentes formatos y técnicas como pintura, obra gráfica, fotografía y escultura, con obras de destacados artistas como Francisco Antonio Cano, Pedro Nel Gómez, Beatriz González, Manuel Hernández y Santiago Cárdenas. Además, cuenta con 52 fondos especiales, entre los que se destacan Jorge Cárdenas, Eladio Vélez, Humberto Chaves, Horacio Longas, Darío Tobón Calle y Carlos Martínez.
La Colección de Ciencias Naturales cuenta con cerca de 27.000 piezas, entre animales naturalizados, esqueletos, pieles de estudio, minerales, fósiles e ilustraciones científicas, con las cuales se aporta a la divulgación de los recursos ambientales, especialmente de la fauna, y a la concientización sobre la importancia de la preservación y de la conservación ambiental.
La Colección de Historia está conformada por óleos y bronces conmemorativos, documentos y elementos pertenecientes a personalidades regionales que formaron parte de la Universidad de Antioquia, y por elementos usados en la labor académica. A esta Colección también pertenecen el Archivo Fotográfico Diego García y los fondos Graciliano Arcila Vélez, Marceliano Vélez, Fidel Cano y El Espectador, Recaredo de Villa, entre otros.
