Fundado en 1913 por los Hermanos de La Salle, ha estado por más de un siglo comprometido con la preservación, investigación y divulgación del patrimonio cultural y natural de Antioquia. Gracias al trabajo interdisciplinar entre las ciencias básicas, sociales y humanas, y expresado en la realización de proyectos expositivos, educativos e investigativos de arte, ciencia y tecnología, este Museo ha puesto en evidencia el respeto por la diversidad biológica, la diversidad cultural, la dignidad humana y el medio ambiente.
Los Hermanos de La Salle han sido actores fundamentales para el reconocimiento de la biodiversidad del país. Desde principios del siglo XX documentaron la biota antioqueña y aportaron su conocimiento en campos disciplinares específicos de la ornitología, la botánica, la mastozoología y otras ramas de las ciencias naturales. Con los ejemplares que recolectaron, fundaron varios museos en Colombia (entre ellos, el Museo de Ciencias Naturales de la Salle); entre sus ejemplares se destacan 109 ejemplares Tipo, los cuales corresponden a especímenes con los que develaron y describieron nuevas especies de animales para la ciencia.
El primer ejemplar recolectado para el museo fue el ave conocida como Piranga Cabecirroja (n. cient. Piranga rubriceps). Este espécimen, procedente del corregimiento Santa Elena, fue recolectado por el Hermano Nicéforo María, en1911. Uno de los científicos más destacados que ha dirigido el Museo de Ciencias Naturales de La Salle, su primer director entre 1913 y 1922. Posteriormente, su director durante 37 años fue el Hermano Daniel, periodo en el que fundó la Sociedad de Ciencias Naturales de Caldas; con este grupo reactivó la adquisición de nuevos especímenes para las colecciones de zoología, paleontología y botánica. En 1971 llegó a la dirección el Hermano Marco Antonio Serna, uno de los fundadores de la Sociedad Antioqueña de Ornitología. Su pasión por las aves permitió incrementar significativamente la colección ornitológica, integrada por más de 2900 ejemplares.
A partir de 2006, el Instituto Tecnológico Metropolitano – ITM, ha sido el custodio de este invaluable escenario poniéndolo a disposición del público en general.
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