Alberga más de 10 mil especímenes, y una muestra representativa de las colecciones está dispuesta en la sala de exhibición, abierta al público general. Rocas, minerales y fósiles de Colombia y del mundo están al alcance de los visitantes, en una sala recientemente renovada, con toda la información necesaria y con el acompañamiento de mediadores, para hacer del recorrido por el Museo una grata experiencia de transmisión y apropiación del conocimiento científico.
La historia del Museo está ligada a la conformación de la Escuela Nacional de Minas en 1887, donde se establece el Gabinete de Mineralogía y de Geología. Desde entonces, el crecimiento de sus colecciones ha sido posible gracias a los aportes de profesores, estudiantes y personas interesadas en las geociencias, con muestras obtenidas a partir de las actividades académicas, como salidas de campo e investigaciones, compras de colecciones de diferentes lugares del mundo, donaciones e intercambios con otras instituciones.
Este museo integra el nodo Museos, Colecciones y espacios expositivos de la Universidad Nacional. De este hacen parte los siguientes espacios, ubicados en la Sede cercana a El Volador:
- Museo Entomológico Francisco Luis Gallego: insectos
- Herbario Manuel Gutiérrez Villegas: plantas
- Museo Micológico: hongos
- Colección Paloecológica y palinoteca: microorganismos
- Colección Xiloteca y Placoteca MEDEL: maderas
- Sala U: arte contemporáneo
- Espacio del hombre: Biblioteca Efe Gómez
- Alboretum y Palmetum: patrimonio natural
